Una nova catedral dedicada a Sant Pere fou aixecada de nou i consagrada el 1038 pel bisbe Oliba, en aquesta operació va desaparèixer l’església de Sant Miquel. Aquesta església de Sant Pere fou reconstruïda entre el 1140 i 1180, deixant un edifici de nau única, amb creuer i campanar independent. Entre el 1323 i 1400 es va construir un claustre nou, gòtic, sobre l’antic d’època romànica. Molt més endavant, el 1782, hom va decidir ampliar la catedral que s’havia fet petita. Finalment es va optar per aixecar-la de bell nou, operació que va implicar també la destrucció de l’església rodona de Santa Maria situada al davant. La nova església es va consagrar el 1803.